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该方案的核心是，在保持现行分类所得税制框架基本稳定前提下，对已经实施自行纳税申报的年所得超过12万元的纳税人率先试行年终综合计征。对于这部分纳税人此前已纳入综合范围代扣代缴的税款视为预缴税款，汇算后多退少补，而对于此前未纳入综合范围的其他项目，也需自行申报。
“这是一个加税的方案。”社科院财贸所所长高培勇并不讳言，实施综合计征后，综合税率表和综合费用扣除标准的设计，应使综合计征纳税人的税负高于或等于分类计征的总体税负，“以达到个税控高和提高税收中直接税比重的目的”。
《报告》称，与分类所得税制相比，上述方案在有利于加强对高收入者的税收调节力度的同时，具有较好的可拓展性。
“实行综合计征后，一些综合费用扣除标准就可以对相应的综合纳税人试行了。比如征管成本相对较低的抚养扣除和残疾扣除等。”参与课题组的社科院财贸所税收研究室主任张斌解释，“未来条件成熟后还可进一步引入赡养扣除及婚姻扣除等。”
考虑到一步到位推行综合型个人所得税涉及面广、难度大等因素，《报告》根据综合计征范围的从小到大，提出了5套渐进改革方案。
现行的个人所得税征收项目主要分三大类，其中工薪所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得归属劳动所得；利息、股息、红利、财产和转让租赁所得归属资本所得；而其余的个体工商户生产经营所得、对企事业单位承包承租经营所得则归属为劳动与资本混合所得。
《报告》提出的第一和第二方案都是针对第一类劳动所得进行综合计征，涉及范围较小，推行起来也相对容易。这一类收入通常都具有明确的支付方，方便进行代扣代缴，综合征收的征管成本较低。
而涉及范围较大的第四和第五方案则覆盖了大多数的收入项目，实施起来难度较大。
实施难度居中的第三方案把劳动所得和部分经常性的资本所得项目纳入综合计征范围，如财产租赁所得和债权收益部分的利息所得等。方案指出，将资本所得纳入综合计征范围对收入分配调节具有重要意义。
高培勇表示，从最初提出综合与分类相结合的个税改革目标至今，已经经历了4个五年规划，但是这一改革目标仍停留于研究层面。“这次个税修法，依旧是在原有框架上的小步微调，没有实质进展。”
国税总局税收科学研究所所长刘佐也表示，本轮个税修法是“一次难以称之为改革的改革”。
对于改革的迟缓，刘佐表示，“现行征管能力不足不能作为拖延综合型个税改革的借口”，“许多国家如印度、越南等发展中国家，甚至非洲一些落后国家，无论在经济发展水平、税务征管能力，还是信息软硬件建设等各方面上都不比中国先进，但是综合型个税改革也能推下去”。
《报告》指出，目前税收征管工作在推行综合型个税上主要的缺陷在于现行的征管模式总体以发票管理和源泉扣缴为主要特征，决定了企事业单位的现金流是主要的征税客体，而非自然人。现行的《税收征管法》及其《实施细则》也主要针对单位纳税人，而在自然人纳税人上相对薄弱。
而未来推行个税综合计征，则势必要求税务机关建立起以自然人纳税人为基本征管单位的征管模式，包括以自然人纳税人为中心归集其各项收入信息的信息系统等。
此外，实行综合与分类相结合改革后，还必然涉及退税补款在中央与地方之间的分配问题，及相关国地税机关征管分工的问题。
对此，《报告》建议，未来应仍让地税局负责自行申报纳税人的个税征管，但应允许纳税人在户籍所在地、长期居住地、收入来源地之间自行选择申报机关，同时为了激励地税部门加强综合计征，还可考虑在初始阶段的由中央承担退税，而补税全归地方财政。
在《报告》发布现场，一位接近全国人大法律委员会的人士称，这项迟迟未有进展的改革已经被列为下一步个税修法的工作重点，“综合和分类相结合的个税改革已不能再拖”。